При одновременном применении хлорохина с дигоксином увеличивается концентрация дигоксина в плазме крови; с циметидином - наблюдается значительное снижение метаболизма и выведения хлорохина; с ампициллином - снижение его всасывания.
При одновременном применении хлорохина с фенилбутазоном, препаратами золота, пеницилламином, цитостатиками, левамизолом повышается риск развития аплазии костного мозга и поражения кожи.