Может снижать абсорбцию кетоконазола, выведение диазепама, фенитоина (метаболизируются в печени посредством цитохрома Р450 2С19), что в некоторых случаях может потребовать уменьшения доз этих препаратов. В то же время длительное применение омепразола в дозе 20 мг 1 раз/сут в комбинации с кофеином, теофиллином, пироксикамом, диклофенаком, напроксеном, метопрололом, пропранололом, этанолом, циклоспорином, лидокаином, хинидином и эстрадиолом не приводило к изменению их концентрации в плазме.