Результаты исследований in vitro и анализ основных путей метаболизма абакавира указывают на то, что его взаимодействие с другими препаратами, опосредованное изоферментами системы цитохрома Р450, маловероятно. Абакавир не угнетает процессы метаболизма с участием фермента CYP3A4. В исследованиях in vitro показано, что абакавир не подавляет активность изоферментов CYP3A4, CYP2C9 или CYP2D6. В ходе клинических исследований не выявлено индукции печеночного метаболизма экзогенных субстанций под действием препарата. Таким образом, взаимодействие абакавира с ингибиторами протеазы ВИЧ и другими препаратами, метаболизирующимися с участием основных изоферментов системы цитохрома Р450, маловероятно.