Процедура гемофильтрации может снижать концентрацию лекарственных веществ в крови, особенно лекарств с низкой способностью связывания с белком, низким объемом распределения, молекулярным весом ниже порога отсечки мембраны гемофильтра - за счет их фильтрации, а также адсорбции некоторых лекарственных препаратов на мембране гемофильтра. Может потребоваться увеличение дозы таких лекарственных веществ в ходе процедуры.