Клинически значимое взаимодействие препарата с другими лекарственными средствами не установлено. Ацилакт можно применять одновременно с антибактериальной, противовирусной и иммуномодулирующей терапией. Коррегирующую терапию ацилактом можно назначить после курса лечения специфическими бактериофагами, предназначенными для элиминации условно-патогенных бактерий.