В незначительной степени ингибирует изофермент CYPIID6, в связи с чем слабо взаимодействует с лекарственными средствами, которые метаболизируются с участием циталопрама.
При одновременном приеме с ингибиторами МАО возможно развитие гипертонического криза (серотониновый синдром). При одновременном применении циметидин повышает концентрацию в крови и усиливает эффект Циталорина.