Несовместим с 2'-дезоксикоформицином (пентостатином) вследствие возможного тяжелого поражения легких вплоть до летального исхода. Терапевтическая эффективность препарата может быть снижена дипиридамолом и другими ингибиторами обратного захвата аденозина. Урикозурические препараты повышают риск развития нефропатии. В редких случаях у пациентов, получавших флударабин до, после или одновременно с алкилирующими цитотоксическими средствами или радиотерапией, наблюдались миелодиспластический синдром (МДС)/острый миелоидный лейкоз (ОМЛ). При монотерапии флударабином МДС или ОМЛ не наблюдались.